Опасност од уништување му се заканува на најстариот документ од 12 век, фрагмент од Евангелието на свети апостол Лука, пергамент напишан на старогрчко писмо, кој несоодветно се чува во Државниот архив на Македонија.
Покрај овој многу значаен историски документ, во Архивот се чуваат и околу 250 раритетни старословенски ракописи и книги од 12 до 20 век, документација од времето на османлиското владеење. Тука е и збирка сиџили (протоколи) на битолскиот кадија во континуитет од 1607 до 1912 година, единствено зачувани кај нас – од целата Османлиска Империја, архивски материјал за периодот меѓу двете светски војни, за повоениот период…
Покрај тоа што просториите во кои се чува вредносто културно и историско наследство, не одговараат на стандардите, истите и прокиснуваат.
Привремено решение за проблемот со прокиснувањето директорката побарала од Владата, од каде се уште чека одговор од службата за општи и заеднички работи.
Котлар напоменува и дека новото депо се соочува и со опасност од попуштање на тежината што ја носи, поради што повеќе и не се сместува архивска граѓа. Низ самото депо поминуваат одводни и водоводни цевки, што претставува голема опасност за архивскиот материјал. Во депото нема прозорци, ниту вентилација, а нема ниту противпожарни скали за евакуација..
Директорката на Државниот архив, Наташа Котлар спасот го гледа во преселба на архивот во старите простории.
Дел од архивскиот материјал се уште се наоѓа во просториите на сегашното Основното јавно обвинителство за организиран криминал и корупција, каде што до 2012 година беше сместен Државниот архив.
Со преселувањето во новиот објект на кејот „Димитар Влахов“ еден дел од главното депо е сместено на шестиот кат, простор што не поседува капацитет за сместување на целокупниот архивски материјал.